Pode descontar o vale-transporte do funcionário que está de férias?

Sim, quando o funcionário sai de férias, falta ou tira licença, ele não pode receber o vale-transporte, pois se entende que nesses dias não há deslocamento de casa para o trabalho. 

Durante o período de ausência, o benefício também não pode ser descontado do salário do trabalhador.